本堂とも呼ばれ、曼荼羅信仰の中心となっている堂で千手堂の後身堂であると寺伝はつたえている。 また、西堂とも呼んでいる。その創立の時期は古く、しかも古い伝統の一方を保持しながらも、中世以後の信仰形態 の変化に伴って、それへの適応が行なわれる時、金堂が現存しながら本堂が生じるのである。 桁行七間（正面21.02m）梁行六間（奥行18.06m）寄棟造、本瓦葺で、東面して建っている。背面北寄りに純和様の木瓦葺の閼伽棚（鎌倉時代）が付加されている。 堂内は、中央柱通しで内陣、外陣に分けられ、天平様式を伝えるニ重虹梁蟇股（こうりょうかえるまた）の架構をみせ、桁行三間もの広い須弥壇を作り、厨子を置いて曼荼羅を祀っている。外陣の棟木には、永暦2年（1161）の墨書銘がある。また、正面礼堂に懸けられた鋳銅製の鍔口には、延徳2年（1490）の造立銘がある。
内陣には御本尊當麻曼荼羅をはじめ、来迎阿弥陀如来、中将姫像、十一面観音菩薩、弘法大師、役行者等を安置している。

東西両塔は、金堂より南東の東塔と、南西の西塔の二基が山にせまった小高い丘陵に対称的に建てられた美しい三重の塔である。 白鳳－天平時代の伽藍配置で、金堂より塔が高い所にあるは異例である。建立は東塔は天平、西塔は平安初期である。西塔はかなり長い期間をかけて造営されたものであろう。建立年代に諸説はあるが、東西両塔が揃って残る唯一の古代伽藍で、その貴重さは多言を要しない。東塔は初重のみを三間とし、二重、三重は二間にしている。各層共軒の出が深く、組物は三手先で、肘木や軒支輪の傾斜はゆるく軽快であり、遠眺は非常に優雅である。
相輪は、通常の九輪が八輪しかない変わった形式で、魚骨形のような特意の水煙の意匠で知られている。
西塔は、三重まで三間で、東塔にくらべずんぐりしているが、量感を感じる。相輪は東塔と同様八輪で、華麗な唐草模様である。水煙の意匠は、優秀であり、古さも薬師寺東塔の水煙に次ぐものである。東塔は金剛界大日如来、西塔は胎蔵界大日如来を御本尊としてお祀りする。